因為印尼商標註冊申請有被惡意搶註之風險，企業甚至在印尼經商之前，就應考慮在印尼申請註冊最重要的商標。許多惡意搶註是由獲授權的經銷商提出申請，但當商標所有人希望更換經銷商時便會產生問題。所以企業先與經銷商簽訂協議，聲明經銷商不得申請註冊企業的商標，是一種替代方案，但由企業自己先申請註冊商標仍為最安全的選擇。
因為 TMO 係採「印尼商標採先申請先註冊」原則，所以對於惡意搶註的異議通常成功機會不大。如果異議不成立，異議人或權利所有人並無上訴管道，必須另外向商業法庭提出訴訟以撤銷惡意搶註的商標，此程序所費不貲；如果申請人輸了，則可以上訴到訴願會，然後上訴到法院。因此，若想於印尼經商，及早申請註冊商標是極為重要之事。
印尼商標註冊於申請日起連續 3 年未使用(或未使用於所有指定之商品或服務)，印尼商標註冊智慧財產局得依職權廢止該註冊商標，第三人也可以向商業法庭提交撤銷註冊商標之申請，在這樣的案件中，原告應負舉證責任，證明該註冊商標未使用。
切記須及時提交商標延展註冊的申請。新商標法頒布後，將有 6 個月的延展寬限期，但是，應注意延展規費的差異。延展可於到期日前 6 個月或到期後 6 個月內提交，但二者規費不同。